Pues no y si...
No tienes obligación genérica de guardar información correspondiente a un ejercicio tributario prescrito (año 1999), pero desde el momento en que dicha escritura tiene incidencia en un ejercicio no prescrito como es el ejercicio en que vendes (ya que acredita el precio de compra de lo que vendes), sí te la pueden pedir.
Si lo que la Agencia Tributaria quiere saber es el momento de compra y el precio que pagaste, esa información puede estar en el Registro de la Propiedad, pidiendo información registral sobre la vivienda que vendiste (los datos registrales de la vivienda deben figurar en la escritura de venta).
Te queda también la posibilidad de solicitar una copia de la escritura de compra a la Notaría dónde la firmaste (si no recuerdas los datos del Notario es muy posible que vengan también en la escritura de venta).
En definitiva, pregunta qué información es la que necesitan (fecha de compra, precio, etc) y buscamos una forma alternativa de facilitársela.
Saludos,