Shepard va siendo adoctrinado por los Reapers durante todo el juego. Según esta teoria, las pistas son los sueños de Shepard y el zumbido de la nave (que en el codex explica como síntoma).
Toda la parte final con Anderson y The Illusive Man seria ya a punto de ser adoctrinado total (de ahí esas auras negras), y el hecho que las decisiones que a priori parecen malas sean consideraras Paragon.
Y finalmente, que la decision de eliminar a los Reapers sea considerada como la opción mala (Renegade) sería la última pista de que están intentando adoctrinarlo del todo antes que los rebiente. Hasta aquí es lo único que "podría" hacerse encajar.
Lo que no sé es como encajar la parte final de los Mass Relays explotando (cuando no sé donde del 2 explica que su explosión significaría la destrucción de los sistemas cercanos, y matando a todo el mundo, pero bueno), o el hecho de que la Normandy atterice en un planeta por ahí perdido... con gente que había ido contigo a la misión final (y supuestamente rebentada por el láser).
Ya la parte del abuelo y el niño la dejo. Da un poco de verguenza.
Y el final "bueno", consiguiendo la mayoria de los War Assets, es un Shepard medio moribundo, y al final se ve respirando... pero donde está? En la Citadel no parece que sea, y si está de vuelta en Londres... como ha llegado allí? En fin...
Que si la parte de adoctrinamieto fuera verdad, la parte del final no tendría sentido. y si todo es un sueño / alucinación pues aún peor final del que es.